La prédiction génomique de croisements à haut potentiel est basée sur un modèle développé à partir de données génotypiques (les marqueurs moléculaires) et phénotypiques (rendement, hauteur, poids 100 grains, teneur en protéine et en huile) de milliers de lignées et variétés.  Chaque collaborateur contribue les données phénotypiques obtenues sur plusieurs années et sous différent environnements de lignées provenant de leur programme d’amélioration.  En parallèle l’ADN de chacune de ces lignées est extrait et génotypé avec des marqueurs moléculaires représentant tout le génome (ou bagage génétique) ainsi qu’avec des marqueurs liés à des caractéristiques désirables tel que des gènes de maturité ou de résistance à certains ravageurs.  Ces données permettent de développer un modèle qui prédit les descendants d’un croisement donné et leur bagage génétique ainsi que leur potentiel de rendement basé sur leur profil génétique.  L’amélioration de la précision du modèle se fait en continu par l’ajout de lignées annuellement. L’utilisation de l’outil de prédiction par les sélectionneurs se fait à l’aide d’un programme informatique sur une plate-forme conviviale. Le sélectionneur peut donc choisir avec quel parent une lignée donnée doit être croisée pour obtenir des lignées avec un rendement et une qualité supérieure.