Phytogénétique
Génétique des oléoprotéagineuses

Caractérisation de la résistance au nématode à kyste du soya chez une lignée hâtive de soya; PI 494182

Résumé vulgarisé

Mondialement, le nématode à kyste du soya (NKS) est le ravageur le plus important du soya. Sa présence a été détecté au Québec en 2013 . En combinaison avec les rotations de cultures, l’utilisation de cultivars résistants est la meilleure méthode de contrôle. Présentement plus de 95% des cultivars résistants proviennent de la même source de résistance dont l’efficacité a commencé à s’effondrer aux États-Unis et en Ontario. D’autres sources de résistance sont donc nécessaires. Ce projet vise à caractériser les loci génétique contrôlant la résistance chez un cultivar japonais, Suzuhime (PI494182) et de développer des marqueurs moléculaires afin d’introduire cette résistance dans des variétés adaptées au Québec

Crédit photo : Agriculture et Agroalimentaire Canada

Résumé scientifique

Le nématode à kyste du soya (NKS) (Heterodera glycines Ichinohe) cause plus de pertes au soya [Glycine max (L.) Merr.] que tout autre ravageur dans la plupart des pays producteurs de soya. L’utilisation de cultivars résistants au NKS  demeure la méthode la plus efficace pour limiter les pertes causées par le NKS. L’accession PI 88788, résistante au NKS, a été utilisée presque exclusivement pour contrôler le NKS au cours des dernières décennies, induisant un changement dans la virulence du nématode pour surmonter la résistance. En outre, PI 88788 et d’autres sources de résistance caractérisées à ce jour appartiennent à des groupes de maturité (MG) III et supérieurs, ce qui les rend moins attrayants pour le développement de variétés de soya à maturation précoce (MG 0-000). Dans ce travail, nous avons effectué une analyse des loci de caractères quantitatifs (QTL) de l’accession PI 494182 (MG 0). Une population de lignées consanguines recombinantes du croisement Costaud × PI 494182 ségréguant pour la résistance au NKS a été phénotypé pour la résistance au NKS (H. glycines [HG] type 0) et génotypée par génotypage par séquençage (GBS) afin de produire une carte génétique. Six QTL de résistance ont été identifiés, y compris un locus de résistance potentiellement nouveau sur le chromosome 07. Un sous-ensemble de la population RIL a été confronté à une population NKS de HG type 2.5.7 et certaines des lignées ont présenté une résistance à ce type.  Le séquençage du génome entier des PI 494182 et Costaud nous a permis de déterminer les allèles et leur nombre de copies pour trois gènes candidats : GmSNAP11, GmSNAP18 (Rhg1) et GmSHMT08 (Rhg4). Ce travail fournit des marqueurs utiles pour l’introgression de la résistance au NKS dans les variétés de soya à maturation précoce.

Objectifs

L’objectif de ce projet est d’identifié les loci de caractère quantitatifs contrôlant la résistance au nématode à kyste du soya chez le cultivar japonais Suzuhime.

Crédit photo : CÉROM

Domaine : Phytogénétique
Spécialité : Génétique des oléoprotéagineuses
Porteur de projet : Louise O’Donoughue
Collaborateur(s) externe(s) : Benjamin Mimee (AAC Saint-Jean-sur-Richelieu), François Belzile (Université Laval)
Source de financement : Génome Canada et Génome Québec; The SoyaGen project, Agriculture et Agroalimentaire Canada et l’Alliance de recherche sur les cultures commerciales du Canada (Grappe AgroScientifique)
Durée : 2016-2020
Culture : Soya
Pays : Canada
Régions : Montérégie Est
Statut : Terminé

PROJETS

Le nématode à kystes du soja (Heterodera glycines, synonyme NKS) est le ravageur le plus nuisible du soya dans le monde, causant des pertes estimées de plus de 880 millions de dollars (USD) annuellement depuis 2015 dans le nord des États-Unis et en Ontario (Crop Protection Network). La gestion du NKS se fait par la rotation des cultures avec des plantes non hôtes et l’utilisation de variétés de soja résistantes. Actuellement, environ 95 % des variétés résistantes contiennent une seule source de résistance provenant de PI 88788. En raison de la surexploitation de cette source, la résistance se dégrade aux États-Unis, ainsi que dans plusieurs champs en Ontario et au Québec. En conséquence, il est urgent de développer des variétés avec des sources de résistance alternatives afin de fournir aux producteurs canadiens des options alternatives pour prévenir l'effondrement de la résistance. Ce projet vise à développer de nouvelles variétés de soya à courte saison (MG 0 à MG 000) portant la résistance provenant de neuf nouvelles sources de résistance, et à confirmer leur résistance aux types Hg 0 et Hg 2.5.7 du NKS. Ces types Hg sont actuellement les types Hg prédominants au Canada, et le développement de nouvelles variétés résistantes à ces types Hg offrira donc aux producteurs de soya canadiens des sources de résistance alternatives au PI 88788 et contribuera à maintenir l'efficacité des variétés de soya résistantes. Pour développer les variétés, la prédiction génomique sera utilisée pour prédire les meilleurs croisements. Les croisements subiront ensuite une sélection assistée par marqueurs pour éliminer les lignées non résistantes, et les lignées avancées présentant des traits agronomiquement supérieurs seront soumises à un phénotypage contre les deux types Hg.

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