Dans l’est du Canada, la précocité est un caractère important pour le soya en raison de la courte période de végétation. L’objectif de ce travail était de développer des outils permettant aux sélectionneurs d’identifier rapidement les allèles présents dans leur germoplasme au locus de maturité E3 (GmPhyA3) récemment cloné. L’énorme débit de la technologie moderne de séquençage de l’ADN a permis l’utilisation d’approches de génotypage par séquençage (GBS) pour identifier et génotyper des milliers de polymorphismes de mononucléotidiques (SNP) sur l’ensemble du génome. Nous avons utilisé un protocole de GBS et une méthode d’appel de SNP optimisé pour le soya afin de caractériser 53 lignées quasi-isogéniques (NIL) contrastant pour les loci de maturité. Les résultats obtenus ont clairement montré la capacité du GBS à fournir une couverture SNP dense et des informations très précises sur la localisation et la taille des régions introgressées. Nous avons ensuite développé une méthode d’haplotypes pour caractériser 91 accessions d’origine diverses (PI) ainsi qu’un ensemble de 305 lignées représentatives du germoplasme de l’Est du Canada pour leur statut allélique au niveau du gène GmPhyA3. Six haplotypes distincts dans et autour du locus E3 ont été observés. Des tests ultérieurs sur deux génotypes par haplotype (test PCR pour un allèle précédemment rapporté, séquençage du gène entier), et une validation sur un sous-ensemble de lignées, ont permis de déterminer que chacun d’entre eux correspondait à un allèle différent de ce gène. Nous avons constaté que l’allèle fonctionnel E3Ha et l’allèle de perte de fonction e3-tr étaient les deux plus répandus dans le germoplasme de l’est du Canada, tandis que l’allèle e3-fs a été trouvé à faible fréquence et que l’allèle e3-ns était absent. Ces résultats montrent que cette approche est une méthode puissante pour la caractérisation rapide des allèles, et son application à d’autres gènes de maturité sera utile à des fins de sélection.
Lien: https://acsess.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.3835/plantgenome2013.10.0034