La sclérotiniose du soya, causée par Sclerotinia sclerotiorum, est présente dans le monde entier et entraîne d’importantes pertes économiques dans une multitude de cultures, notamment le soya, le canola, le tournesol, la pomme de terre et les légumineuses, entre autres. Elle figure régulièrement parmi les dix maladies du soya les plus dommageables au Canada [6-8], ce qui en fait une préoccupation pour les producteurs de soya de tout le pays. Bien que de nombreux programmes de sélection s’efforcent de fournir des variétés de soya présentant une résistance modérée à la sclérotiniose, la nature quantitative de la résistance a rendu difficile la sélection d’un matériel fiable et stable, et des études récentes suggèrent que cela pourrait être dû à un manque de compréhension de la diversité génétique. de S. sclerotiorum et en raison du choix des isolats dans les pépinières de la sclérotiniose. Sclerotinia sclerotiorum est homothallique (autofertile), ce qui réduit sa diversité génétique et son taux d’évolution par rapport à d’autres agents pathogènes importants des cultures ; cependant, plusieurs études ont démontré des groupes génétiques distincts d’isolats de S. sclerotiorum, suggérant qu’une pression et une divergence sélectives, ainsi qu’un isolement géographique se produisent [3, 9-13]. Une enquête portant sur 133 isolats de S. sclerotiorum collectés dans des champs de canola de l’Alberta, de la Saskatchewan et du Manitoba a démontré qu’il existe une divergence des isolats entre les provinces et que chaque isolat était un haplotype unique [3], ce qui suggère une architecture génétique plus complexe qu’on ne le pensait auparavant. Le manque d’isolats de l’Est du Canada dans cette étude amène à remettre en question la diversité génétique qui peut exister chez S. sclerotiorum à travers le Canada, en particulier avec les différentes rotations de culture trouvés à travers le pays. Une meilleure compréhension de la diversité génétique de S. sclerotiorum à travers le Canada permettra de mieux comprendre comment sélectionner correctement les isolats pour le dépistage de la résistance génétique de différentes espèces de cultures, contribuant ainsi à créer des pépinières de la sclérotiniose uniformes et à améliorer les méthodes d’identification de la résistance à la sclérotiniose. Cela sera particulièrement important avec l’augmentation de la production de soya à travers le pays, y compris dans les rotations avec le canola et la pomme de terre, qui sont également très sensibles à la sclérotiniose. Des études récentes ont démontré que la résistance des plantes à la sclérotiniose peut être grandement affectée par l’isolat pour lequel la résistance a été évaluée [1, 3-5, 14]. Des études de Buchwaldt et al.[3] et Denton-Giles et al.[14] ont examiné la réaction de résistance de lignées de canola similaires aux isolats canadiens et australiens de S. sclerotiorum, respectivement. Lorsqu’elle a été testée avec trois isolats australiens, la lignée de canola K22 a montré la résistance la plus constante, PAK54 et PAK93 ont montré une résistance intermédiaire [14]. Cependant, lorsque ces mêmes lignées de canola ont été testées avec 17 isolats canadiens, la lignée de canola PAK54 était systématiquement la lignée la plus résistante examinée, tandis que la lignée K22 variait de très résistante à très sensible [3]. Cela suggère qu’un panneau diversifié d’isolats provenant d’un même emplacement géographique pourrait ne pas suffire pour identifier une résistance fiable du soya ou d’autres cultures sensibles. Cela suggère également que la résistance peut être mal interprétée en fonction de l’isolat utilisé et que la résistance évaluée dans de nombreuses pépinières de maladies peut évaluer de manière inadéquate le niveau de résistance des cultures, car la majorité des pépinières n’utilisent qu’un ou deux isolats lors de leurs évaluations. Bien que des travaux aient été réalisés sur la résistance du canola à différents isolats de S. sclerotiorum canadiens, une seule étude a examiné les effets génétiques des isolats du soya avec des isolats de S. sclerotiorum canadiens [15] ; cependant, l’étude était limitée à quatre isolats collectés sur deux sites et ne représentait donc pas la véritable diversité génétique ou la distribution de virulence des isolats trouvés en Ontario et au Québec. Une étude de Willbur et al. [1] a observé des interactions génotype x isolat de soya avec certaines lignées variant de modérément résistantes à très sensibles selon l’isolat utilisé. Conjuguée aux preuves sur le canola, la littérature indique que l’établissement de pépinières de la sclérotiniose fiables et stables nécessite l’utilisation de plusieurs isolats de S. sclerotiorum et une uniformité entre les pépinières afin d’identifier les cultivars dotés d’une résistance fiable et stable. Pour y parvenir, une compréhension globale de la diversité génétique de S. sclerotiorum est impérative. L’objectif principal de cette étude vise à explorer la diversité génétique des isolats de S. sclerotiorum au Canada, avec un accent particulier sur l’Est du Canada pour compléter les travaux effectués précédemment dans l’Ouest canadien, et aidera à établir une identification fiable et stable des isolats de S. sclerotiorum pour les pépinières partout au Canada.